子宫内膜异位症的临床症状多种多样，病变部位的不同，临床表现也不相同，病变的症状特征大多和月经周期密切相关。主要症状有疼痛、月经异常和不孕症，有25%的患者没有任何的症状。疼痛是内膜异位症的主要症状，可以表现为痛经、慢性盆腔痛、性交痛，以及急腹痛。痛经是子宫内膜异位症的典型症状，表现为继发性痛经，并随病变的进展而渐进性的加重；有少数的患者会表现出慢性的盆腔痛，在月经期会有加重的表现；大约有30%的患者会表现出性交痛，大多见于直肠子宫陷凹有异位病灶，或者由于病变导致子宫后倾固定的患者；卵巢子宫内膜异位囊肿会由于经期囊内出血，压力增加而多次破裂，破裂后由于囊内的巧克力液体流入腹腔，导致急性腹痛。再有就是不孕症，内膜异位症的患者不孕症的几率可以达到50%。