真菌的种类较多，感染的部位也各不相同，正常浅表真菌感染采用外用药物，深部真菌感染或外用药物不易到达的地方，采用口服治疗。口服治疗真菌的药物主要有两性霉素b、氟胞嘧啶，三唑类的氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、泊沙康唑，棘白菌素的卡泊芬净、米卡芬净等。念珠菌属感染可用氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、米卡芬净、卡泊芬净等抗真菌药物。