卵巢巧克力囊肿的治疗方法有以下几种。第一，药物治疗，如果比较轻微，可以选择使用散结镇痛胶囊、桂枝茯苓丸等中药进行治疗，如果症状比较严重，可以选择使用醋酸亮丙瑞林等西药进行治疗。第二，可以选择手术治疗，可以选择腹腔镜或者是开腹卵巢巧克力囊肿剥除术，手术之后还是需要使用西药进行巩固。第三，可以选择彩超引导下的穿刺手术。