患有功能性消化不良的患者，在治疗方面是没有特效药的。主要是通过化验检查，明确病因以后，针对性的给予抑制胃酸分泌的药物进行治疗，比如应用h2受体拮抗剂进行治疗。可以通过促进胃肠动力的药物进行治疗，根除幽门螺杆菌进行治疗。如果病情严重的情况下，还可以通过应用抗抑郁的药物、抗精神类的药物进行治疗。在治疗的过程当中，一定要有良好的饮食习惯，避免吃过凉过硬的食物，避免吃辛辣刺激性的食物，禁烟禁酒。在此同时患者要适当的多做一些户外运动，这样能够增加胃肠的蠕动，也可以促进疾病更快的恢复。