人工牛黄甲硝唑可用于治疗牙槽脓肿，但有一定的副反应，大剂量时可造成癫痫发作和周围神经病变，后者主要表现为肢端麻木及感觉异常，长期用药可产生持续性周围神经病变。其它多见的副作用还有:胃肠反应。例如恶心，食欲不振，呕吐，腹泻，腹痛，食欲不振，口干，口腔金属味等。