三个月的宝宝表现出消化不良，可以在医生的指导下使用双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌胶囊用药物来进行治疗，这些药物中含有益生菌，可以起到抑制肠道内有害菌繁殖的功效，并且能够增加肠道内的有益菌，比较有利于帮助胃肠道恢复正常的功能。使用益生菌的时候要注意使用40度以下的温开水冲服，不然有可能会使益生菌失去活性。使用过益生菌半个小时之内，尽量不要给孩子吃奶，也不要给孩子喝热水。在消化不良的时候，给宝宝喂奶一定要注意少食多餐，不要让宝宝暴饮暴食。