生殖细胞肿瘤的病理分类将颅内分为6个亚型:生殖细胞肿瘤、畸胎瘤、内胚层窦瘤(也称为卵黄囊瘤、绒毛膜上皮癌(称为绒毛膜癌、胚胎癌和混合生殖细胞肿瘤。生殖细胞肿瘤以外的肿瘤通常被称为非生殖细胞肿瘤生殖细胞肿瘤，其中除良性畸胎瘤外，所有GCT都是恶性肿瘤，可以通过脑脊液传播或转移到全身，但是GE的存活率更高。大多数发生在儿童和青少年身上，通常发生在松果体区、鞍上区或基底神经节区，少数发生在中线区。