肺部隐球菌感染的初期，多数病人可无症状。少数病人出现低热、轻咳，咳黏液痰，偶有胸膜炎症状。免疫功能低下为隐球菌发病的重要诱因。多数健康人感染可以自愈或病变局限于肺部。在免疫功能受损的病人，隐球菌能够进展活动，引起肺炎并经血行播散至全身。由于新型隐球菌对脑膜和脑实质有亲和性，所以中枢神经系统是最常见的受累部位，其他少见的受侵部位有皮肤、骨骼、前列腺、肝、心、眼等。特征为轻微的炎症反应。

早期组织内有大量隐球菌成胶样团块，中性粒细胞减少、不化脓，仅有少数淋巴细胞和组织细胞浸润。晚期病变为肉芽肿，肺部病变偶有干酪样坏死和空洞形成。本菌通常经呼吸道进入人体。肺是感染的首发部位。正常人吸入隐球菌后，引起肺内感染，病变多仅局限于肺部，很少出现症状，常有自愈倾向。若因过度劳累或有免疫缺损的慢性病患者(如晚期恶性肿瘤、白血病、长期接受大剂量激素、广谱抗生素及抗癌药等治疗)，吸入真菌后在肺内形成病灶，可经血行播散至全身，且多侵入中枢神经系统。