直径较小的肾囊肿的，且没有明显症状的可以不用治疗，只需定期复查，了解肾囊肿的进展即可。若肾囊肿的直径大于五厘米，则有可能导致肾实质受到压迫，影响到肾功能，还可能产生腰腹痛等临床症状，通常需进行手术治疗。肾囊肿的手术方式主要以腹腔镜下肾囊肿去顶减压术为主。如果囊肿位置较特殊，比如位于肾盂附近，则需要在输尿管软镜下行囊内引流术。