药物疗法方面,分为西医疗法和中医疗法。 西医药物治疗主要是使用适量抗精神病药和中枢兴奋剂加以治疗。小剂量的抗精神病药（氟哌啶醇和舒必利等）,有利于改善患儿兴奋多动,刻板重复行为,自言自语,模仿语言及无法控制的尖叫及发声,有利于改善患儿与外界的接触和交往,增进语言交流的倾向和使用语言的能力,对烦躁不安,情感冷淡等亦有较好的疗效。中枢兴奋剂（利他林,匹莫林等）,对治疗部分孤独症儿童的多动,冲动和注意力涣散有一定的效用。此外,自1965年以来的大量研究表明,大剂量的维生素B6与镁剂合用可使约半数孤独症患儿获益,坚持服用后患儿目触情况转佳,兴奋行为减少,对四周环境的兴趣增加,哭闹减少而语言增多,变得较为正常。对孤独症患儿进行药物治疗应严格按医生处方用药,切不可乱用。 中医疗法以针灸结合中药治疗比较常见,将患儿视作儿童“五迟”（语迟,立迟,行迟,发迟,齿迟）病症进行治疗。从目前的一些文献看,有一定的疗效,但无需讳言,较长时间对患儿进行针刺和内服中药,难以让这一治疗方法得到更多的患者家长的接受。