自然流产三个月后来两次月经可能是排卵期出血和正常的月经出血，也可能子宫内膜恢复不良或宫腔内有残留等原因导致的，还可能是子宫内膜炎、盆腔炎等妇科疾病导致的。建议要注意观察出血量和出血时间。如果第一次出血量比较少，时间比较短，考虑是排卵期出血。如果两次出血量都比较大，出血时间长，建议最好去医院妇产科详细的检查一下。如果有异常情况要及时处理。