肾盂肾炎是细菌感染引起的，且大多数是肠道细菌感染，因此有效的抗生素治疗是治愈肾炎肾炎关键。通常在治疗开始前会先留取清洁中段尿进行细菌培养，以及在发热的高峰期留取血样进行细菌培养。培养出细菌后进行药敏试验，选择敏感的药物治疗。但是不同于急性下尿路感染的3天抗生素疗程，肾盂肾炎的疗程大约2周。