肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，如果不治疗会反复发作，因此必须手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。肛瘘的治疗方法分为两种：传统手术和微创手术。肛瘘的传统手术非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间，因此病友间往往用“人间炼狱”来形容肛瘘手术。因此，很多患者现在基本上不愿意接受传统手术，转而选择创口小、过程无痛、术后恢复快的微创手术进行治疗。