对于肛瘘手术后复发率的报道，多少不一，有的文献报道肛瘘的复发率为10％，而有的报道仅为1％。调查肛瘘手术后复发的原因，95%以上是因为没有准确的找到内口，或没有把感染的原发病灶，感染的肛窦、肛门腺导管和肛门腺以及瘘管的支管、空腔完全彻底清除干净，因为祸根没有除掉，所以才会复发。