低烧的原因有很多，体内的慢性感染疾病是引起低烧的比较常见的原因，像慢性支气管炎、盆腔炎、扁桃体炎、鼻窦炎等等都是可能会引起低烧的。也有些非感染性的疾病也会引起低烧，比如变态反应性疾病和结缔组织疾病肝硬化、肠道溃疡病等。 有些人低烧查不出脏器疾病，称功能性低烧，由植物神经功能紊乱所引起，这类低烧约占全部低烧病因的一半以上，多见于青年女性，如感染后低烧、夏季低烧都是功能性低烧。