女性在怀孕40天时可以去医院进行人流手术，一般在临床上进行人流的最佳时间，应该是在怀孕35-50天之内，因为此时胚胎还没有发育成形，术后女性的身体恢复速度较快，也不会对身体造成太大的影响。女性应该在手术前去医院进行腹部B超检查，通过检查能够判断女性是否为正常的宫内怀孕，还可以观察到孕囊大小。若是女性有孕囊超过1cm的情况出现，就可以选择人流进行终止妊娠。而小于1cm，则是要进行药流。