中医认为巧克力囊肿主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，胞宫失养，痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢，痰瘀是产生的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。所以，对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。这样治疗巧克力囊肿，最后可以达到更好的效果，其实只要积极点去治疗，很快就会好起来的。