肛门部位的尖锐湿疣可以使用药物治疗，常见的有5%咪喹莫特霜、0.5%鬼臼毒素酊等，还可以及时进行低温冷冻治疗、二氧化碳激光治疗以及电灼治疗等物理治疗促进疣组织坏死脱落。当患者存在巨大的疣体时，则需要及时进行手术切除。在治疗期间患者需要防止接触传染，避免在公共浴池里洗澡，还需要避免使用他人的贴身衣物。此外还需要避免同房，以免通过性生活传染给配偶。