由于支原体是介于病毒和细菌之间的微小生物，因此在治疗上有别于病毒或细菌感染，相对治疗疗程长。一般对于支原体感染，首先阿奇霉素治疗，首次疗程是五天，目前小孩首次疗程已经用过阿奇霉素治疗五天，建议停用四天后给予口服阿奇霉素三天，再停四天，在口服三天，再停四天口服三天共三个循环。