导致亚急性甲状腺炎的原因尚未完全阐明，一般认为和病毒感染有关。发病前患者常有上呼吸道感染史，发病常随季节变动、且具有一定的流行性。患者血中有病毒抗体存在，最常见的是柯萨奇病毒抗体，其次是腺病毒抗体、流感病毒抗体、腮腺炎病毒抗体等。