女性怀孕三月有甲亢，应积极的进行治疗，以免导致腹中的胎儿发育畸形、早产，甚至是流产的情况发生。建议患者最好是能够在医生的指导下应用丙硫氧嘧啶进行对症治疗，由于是怀孕期间，所以不建议应用甲巯咪唑进行治疗，因为此药会导致胎儿畸形，而丙硫氧嘧啶对胎儿影响力较小，可以放心应用，其次需要定期复查甲状腺功能、肝功能以及血常规等，饮食方面以清淡、低碘类的食物为主，同时还要做好产检，复查胎儿发育情况。