婴儿湿疹的主要原因是对食入物、吸入物或接触物不耐受或过敏所致，可由一种或多种致敏原引起，例如：毛织品、化纤制品、化学物质、肥皂、日光、食入致敏性食物、外界温度和湿度的变化等。如果父母有过敏病史，那么婴儿患湿疹的比例则较高。如果喂母乳的妈妈摄入鱼、虾、蟹等，也有可能引起婴儿湿疹。

大约有20%的婴儿会对奶制品中的蛋白质产生不同程度的不耐受现象，常常表现为不同程度的湿疹，严重者可能会出现腹泻，甚至便血的症状。一般婴儿只是对牛奶中的蛋白质不耐受，但个别婴儿对母乳中的蛋白质也不耐受。

对奶的不耐受所导致的湿疹，会随着添加辅食后婴儿对奶的需求量逐渐减少，以及对奶的耐受性逐渐增加而出现缓解。如果有些婴儿6个月添加辅食后，皮疹不但没好，反而越来越重，甚至出现过敏性鼻炎、过敏性哮喘，则很可能是对食物中某些东西过敏所致。