治疗应包括一般治疗，病因治疗，体外冲击波碎石，腔内取石，溶石治疗，外科手术治疗，中药治疗及食饵疗法等综合措施。一般治疗包括大量喝水和针灸疗法。

应尽可能维持每日尿量在2000—3000毫升，大量饮水配合利尿解痉药物，可促使小的尿石排出。为了保持夜间尿量，除睡前饮水外，夜间起床排尿后宜再饮水。稀释的尿液，可延缓结石增长的速度和手术后结石的再发。在有感染时，较多的尿量可促进引流，有利于感染的控制。如结石小，患者健康状况良好，可采用体育活动，并可适用中西药物，以利结石自行排出。近十年来肾结石的治疗有了突破性的进展，现在常用的治疗方法以体外冲击波碎石(ESWL)及腔内泌尿外科为主，只有少数病例采用手术治疗。