双肾结石的治疗需要根据结石的大小、数量、患者的症状来决定。较小的的结石，而且患者症状不明显时，可采用保守的治疗方法，如大量饮水、调整自身饮食，结石有可能通过患者尿道自行流出；其次，如果结石并没有引起患者出现其他症状，仅是出现疼痛，患者可服用镇痛药物暂时缓解疼痛；另外，如果药物无法缓解疼痛，可通过手术进行治疗，如体外冲击波碎石术、输尿管镜碎石术等，但由于两个肾都有结石，手术的危险和难度都比较大，因此慎用手术。