光子嫩肤不能治疗扁平疣，不可以用这种方法治疗。人体会有扁平疣主要是因为人乳头状瘤病毒感染引起的，这种疾病多数情况下都是出现青少年身上，此病很有可能会造成色素沉着，现在治疗扁平疣，主要就是用一些激光冷冻的方法，还应该要配合外用药物进行治疗，光子嫩肤的治疗主要是扁平疣时间过长而出现的斑点，这个方法对治疗扁平疣没有效果，是不能够通过光子嫩肤来进行治疗的。