便秘时肛门疼痛主要有以下几个原因：1、大量食用辛辣、刺激的食物。因为辣椒中的辣椒素不能被完全消化，排便时会刺激肛门，引起疼痛现象。2、患有痔疮或者肛裂等病症的情况下，肛门局部会形成血栓或者是出现局部皮肤损伤，排便时就会引起疼痛。3、运动量比较少，或者是长期消化不良都会引起胃肠道蠕动缓慢，排泄物在肠道内堆积，水分会被肠道吸收引起大便干结的现象，排便时也会引起疼痛。