免疫系统异常是引起孩子有自闭症的原因，经过检查，发现自病症的孩子会有T淋巴细胞数量减少的趋势，而且孩子体内的辅助T细胞不仅减少，而且孩子体内存在B细胞数量减少的问题。

自病症其实个多种神经内分泌有关系的，而且也和神经递质功能失调有关其实自病症的病人的单胺系统是异常的，自闭症孩子比较容易出现5-羟色胺（5-HT）发育缺乏的特点，而且孩子儿茶酚胺发育不成熟。