因为自身免疫性疾病通常都具有很大的隐匿性，由于是免疫功能紊乱，患者常常会有全身各个器官的损伤，症状多样，让人找不到头绪。比如，患者可有关节酸痛、低热、乏力、皮疹、闭经等。只有当免疫细胞攻击肝细胞时，大约有20%-25%的患者才出现类似急性病毒型肝炎的症状，表现为黄疸、纳差、腹胀等。自身免疫性肝炎还会化装成其他疾病：如甲状腺炎、溃疡性结肠炎、1型糖尿病、类风湿性关节炎等。那是由于免疫细胞自相残杀，株连了其他器官造成的。医生们通常把它叫做“肝外表现”。因此，在临床上，自身免疫性肝炎很容易被误诊或漏诊。