刚出生6个星期的婴儿咳嗽首先需要明确具体原因之后，再进行针对性的治疗，例如是由于病毒感染所引起的，需要进行抗病毒治疗或者也可以给宝宝口服一些止咳颗粒或者是小儿咳喘灵泡腾颗粒等清热解毒的中成药物进行治疗；如果是由于细菌感染所引起的，可以在医生的指导下给宝宝服用阿莫西林克拉维酸钾、依托红霉素颗粒或者雾化吸入布地奈德，同时口服氨溴特罗等药物进行止咳化痰治疗。