中医专长证书的颁发部门是中医药管理局。
中医药管理局，全称中华人民共和国国家中医药管理局（National Administration of Traditional Chinese Medicine），简称“国家中医药局”，是中华人民共和国国务院直属机构，负责全国中医药事业的管理和监督工作，其主要职责包括：制定和实施中医药发展规划、政策和标准；组织和指导中医药科研、教学、临床实践、人才培养等工作；推动中医药国际交流与合作；负责中医药行业的监管和执法工作等。
在中医专长证书的颁发方面，中医药管理局主要负责以下几个方面的工作：
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1、制定中医专长证书的考试大纲和评分标准：根据中医药事业发展的需要，制定中医专长证书的考试大纲和评分标准，确保考试内容的科学性和实用性。
2、组织实施中医专长证书考试：按照考试大纲和评分标准，组织实施中医专长证书考试，对考生进行严格的考核。
3、对考试结果进行审核和认定：对通过中医专长证书考试的考生进行审核，确认其具备相应的中医专长知识和技能，并颁发中医专长证书。
4、对中医专长证书持有者进行管理：对已经获得中医专长证书的人员进行跟踪管理，确保他们持续提高自己的中医专业水平，为社会提供优质的中医药服务。
5、对违规行为进行处理：对违反中医专长证书管理规定的行为进行查处，维护中医专长证书制度的严肃性和权威性。
中医药管理局是中医专长证书的颁发部门，负责制定考试大纲、组织实施考试、审核和认定考试结果、对持证人员进行管理以及处理违规行为等工作，通过这些工作，中医药管理局旨在保障中医专长证书制度的有效运行，促进中医药事业的发展。
