睡觉起来腰痛的原因有很多，有的是疾病导致的，比如输尿管结石、腰椎间盘突出等；还有的是有的是腰部肌肉问题导致的，比如腰肌劳损、长时间卧床、平日过度劳累等。建议及时到医院进行检查，通过X光片或核磁共振找出具体原因，再根据具体的原因进行药物或物理治疗。