在杭州，拥有心理咨询师资格证书的机构很多，以下是一些比较知名的：

1、杭州市心里健康服务中心：该中心是中国心理卫生协会认证的心理咨询机构，提供专业的心理咨询和治疗服务。

2、浙江师范大学附属第二医院心理咨询室：这是浙江省内一所较大的心理咨询中心，拥有一支经验丰富的心理咨询队伍。

3、湖州市西湖区心理咨询服务站：这是一个面向市民开放的心理咨询站，提供心理知识咨询、个人成长指导等服务。

4、杭州大学心理健康学院心理咨询中心：这是浙江大学的一家独立的心理咨询机构，设有专门的心理咨询师进行教学和培训。