南京的营养师证书培训机构众多，这里为您推荐几家具有较高知名度和教学质量的专业机构：

1、南京市职业技能培训指导中心：此机构位于南京市秦淮区明故宫路2号，是一家专业从事职业技能培训、就业指导等服务的机构，他们的营养师证书培训课程涵盖了基础营养知识、食品卫生法规、健康饮食指导等方面的内容，对于想要在餐饮行业或医疗机构从事相关工作的学员非常有帮助。

2、南京市民间教育协会教育培训部：该部门位于南京市玄武区新街口街道中山东路38号，专注于开展各类教育培训活动，包括营养师证书培训，他们提供的课程以理论与实践相结合的方式进行，旨在提高学员的实际操作能力和理论素养。

3、江苏省营养师协会：协会位于南京市鼓楼区云锦路46号，是江苏省内最大的专业性社会团体之一，专门致力于提升全省范围内的营养师整体素质和服务水平，他们的营养师证书培训课程涵盖了基本理论知识、专业知识技能和实践经验等方面的内容，适合希望进入这个行业工作或者进修的学员。